支原体感染临床症状为尿道刺痛、瘙痒，尿道口分泌物少，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物。支原体感染主要引起泌尿生殖道感染，潜伏期为1-3周。
大多起病不急，有发热、厌食、咳嗽、畏寒、头痛、咽痛、胸骨下疼痛等症状，以发热和咳嗽为主要表现。体温在37℃～41℃，大多数在39℃左右，可为持续性或弛张性，或仅有低热，甚至不发热。多数咳嗽重，初期干咳，继而有痰，偶含少量血丝，有时阵咳稍似百日咳。偶见恶心，呕吐及短暂的斑丘疹或荨麻疹。这些都是支原体感染的症状。
出现支原体感染导致的咳嗽，很有可能会发生上呼吸道感染，往往会有鼻塞、流鼻涕、嗓子疼、咽干、声音嘶哑的表现，还会有咳嗽和咳痰，但是咳痰量往往是比较少的或者单纯出现刺激性干咳，需要服用药物进行治疗。
支原体感染通常会引起呼吸道感染症状、泌尿生殖道感染症状、皮肤黏膜感染症状等。
支原体分肺炎支原体、解脲支原体、人型支原体，不同支原体感染的部位不同，症状也不同。患者应根据自身情况来判断自己是哪种类型的支原体感染，可在医生的指导下使用抗生素进行治疗。
支原体感染不一定是肺炎。
支原体肺炎属于引发肺炎的原因，但感染支原体不一定就是肺炎。支原体感染肺是由于支原体肺炎感染而引起的，而感染肺部的病毒、细菌和其他非典型的致病性的细菌也可能引起肺炎。支原体肺炎主要有发热、头疼、口渴、胃口下降等症状，在治疗上，可以选用抗支原体的药物，比如大环内酯类抗生素。
HPV不是支原体感染。
HPV指人乳头瘤病毒，能引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖，不是支原体感染。人乳头瘤病毒是一种病毒感染，支原体是一种介于病毒和细菌之间的微生物感染。支原体感染可以使用抗生素治疗，而对于高危人乳头瘤病毒感染目前还没有很好的药物。
