头痛的发病机制复杂，主要是因为颅内外痛敏结构中的痛觉感受器，受到剧烈刺激，痛觉由传导通路传导至大脑皮层所引发的。颅内痛敏结构，包括静脉窦，颅底硬脑膜，迷走神经，脑膜前动脉及中动脉，舌咽神经，三叉神经。
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如果长期头痛和失眠，可以去医院检查。
长期失眠和头痛可通过脑电图、量表测量、经颅多普勒等检查。长期失眠和头痛的患者必须去医院检查。排除实质性问题后，如果这些问题是由功能性问题引起的，则可以进行处理。例如，其可能是由精神压力大、工作过度、工作和休息不规律等引起的。此时，患者应该养成良好的工作和休息习惯，保持情绪平静。如果失眠严重，可以口服药物改善睡眠。
如果出现长期头痛的现象，主要是以下几种原因导致的：第一，有比较大的几率是脑部的疾病导致的，比如颅内肿瘤、脑动脉硬化等病症，会压迫脑神经，造成头痛的现象。第二，也不排除颈椎部位的病症的可能，这类疾病对神经的刺激传递到头部，会造成神经性的头痛。第三，患有抑郁症、精神虚弱等精神类的疾病，比较容易出现头痛的症状。
通常情况下，如果患者长期偏头痛容易引发一些疾病，比如无症状的腔隙性脑梗死，可能是由于偏头痛引起的，会造成脑内多发性缺血灶，这是一种腔隙性脑梗死。焦虑、抑郁、高血压等情绪问题是长期偏头痛的主要并发症。
偏头痛在极少数病例中会导致癫痫发作，其发生率非常低。但是对于偏头痛，日常生活中要尽量避免引起偏头痛的原因。
一般来说，长期偏头痛可能是脑部出现了器质性病变，如脑梗塞、或者是轻微的脑出血，亦或者是颈椎突出压迫神经，还有紧张性头痛、丛集性头痛、低颅压头痛药物等原因也可导致偏头痛。建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行针对性的治疗。
此外，还需要规律的用药，如抗血小板，降血脂稳定斑块等治疗。
