巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症而来的卵巢囊肿，是妇科病，需要挂妇科号就诊的。巧克力囊肿如果超过五厘米以上，是需要考虑手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经，有无怀孕打算来决定治方法，如果是手术，可以考虑腹腔镜手术。
巧克力囊肿变小的方法非常多，可通过药物治疗、物理治疗以及手术治疗等形式来进行治疗，巧克力囊肿并不是一种疑难杂症，但是一定要采用合理的方法治疗，这种疾病会对女性的生育能力产生一定的影响，所以采用合适的方法治疗，才能够避免对女性的生殖健康产生影响。
巧克力囊肿坚持做仰卧起坐有利于疾病的治疗，可以提高人体的抗病能力，可以有效地治疗疾病，并能防止疾病的复发，应该选择合适的锻炼方法根据身体条件，每天锻炼。还能提高人体免疫力，预防疾病的发生，有助于疾病的治疗。其次，慢跑更适合巧克力囊肿。坚持慢跑能促进人体新陈代谢，可以帮助身体排毒，可以提高自身的免疫功能，帮助治疗疾病，慢跑是一项非常健康的有氧运动，坚持慢跑可以加速血液循环，加速身体排毒。
有痛经的症状，并且月经不调，不能排除巧克力囊肿，或者子宫腺肌症，去医院做B超检查，看是巧克力囊肿还是子宫腺肌症，如果是巧克力囊肿，做一个可视针吸治疗，把巧克力液抽出来，注入硬化剂，这样巧克力囊肿就会吸收，如果是子宫腺肌症，可以上吉妮环治疗。巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，就是说子宫内膜组织出现在了子宫体以外的地方了。本病的发病机制还尚不清楚。常见的症状是下腹痛、痛经、性交不适和不孕等。有些病人无症状。治疗应根据病人的年龄、症状、病变范围以及对生育要求等情况全盘考虑。
