巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
确实和巧克力囊肿有关。巧克力囊肿是造成不孕的主要原因。吃药和手术均不是最理想的治疗方法，治疗巧囊比较好的方法是在超声引导下的细针穿刺中药硬化剂的方法，可避免囊液外流的问题，确保了不会复发。不手术，对卵巢功能不受任何影响，这种方法治疗后，不影响以后怀孕，是目前治疗巧囊的较好的方法。
子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，对身体健康又严重的影响，而且还有可能导致女性的不孕，因此及时的发现和治疗子宫内膜异位症是非常重要的。目前，对子宫内膜异位症的检查通常采用以下三种方法：B超检查、X线检查和腹腔镜检查。
巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
