CA125不是一项特异性的指标，所以它也可由其他的病因引起升高，例如一些炎症，乳腺炎等均可引起CA125的升高。而CA199偏高也可有组织病变，恶性肿瘤，病变时分泌亢进所形成CA199的指标升高。但CA125和CA199一起偏高，可能是存在某些良性病变，例如消化道炎症，肝硬化等。
不能将CA19-9来作为胃癌的诊断或筛检的指标，无论它的值偏高多少。CA19-9用来预测胃癌的敏感性较低，糖链蛋白19-9血中浓度升高的病患中，胰脏癌以及胆道癌发生机率较高。除了胰脏癌及胆道癌之外，还可以在结肠癌、直肠癌、肺癌等癌症患者查到CA19-9指标升高。
不一定，CA125的特点是敏感性高，也就是说体内只要有些风吹草动，它可能就会升高，但是它的特异性差，除了真正的妇产科肿瘤，包括卵巢癌、输卵管癌、子宫内膜癌、宫颈癌会有增高，其他部位的恶性肿瘤，例如胰腺癌、肠癌、乳腺癌和肺癌也会增高。
癌胚抗原CA199偏高主要是因为消化系统肿瘤，如胰腺癌、胃癌等引起的，癌胚抗原是肿瘤的标志物之一，为恶性肿瘤细胞表达过程中分泌的物质，常用于肿瘤的辅助鉴别诊断及预后的判断。
糖类抗原CA199是胰腺癌和胆囊胆管癌的标志物。对于胰腺癌或胆管癌或结肠癌在治疗过程中如果出现CA199在原来的基础上有了明显的增高，须详细检查是否出现了肿瘤复发或转移。另一方面胰腺炎、阻塞性黄疸、肝炎、肝硬化、支气管扩张等也会出现CA199的偏高。因此未得过肿瘤，如果出现CA199偏高，也应该做相关的检查排除相关的良、恶性疾病。
在临床上它与肿瘤没有明显的相关性，但是肿瘤的发生可以引起糖类抗原CA199的升高，那么对于不同原因所引起的糖类抗原ca199偏高，需要选择不同的方法来进行治疗。口服对症药物治疗。
