进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
检查头部一般是做头部的影像学检查和电生理方面的检查，根据患者的病情不同而选择不同的检查方案。如患者出现头痛，头晕，肢体麻木、无力，可以做头部的CT、磁共振以及脑造影检查。
DR检查目前在平片里应用比较广泛，即数字化摄片。在传统的X片基础上，在电脑中加入了数字化系统。如当射线穿过人体或物体后，被平板探测器采集，然后通过模数转换，再经过及时的工作站后处理，DR成像就会比传统的X线片图像的分辨率和清晰度更高。
通过脑干的听力检查，是可以看有没有听力障碍，可以制作人工的电子耳蜗的前提条件。是需要通过ct核磁共振的检查去深入，耳蜗内部的状况，看有没有出现畸形或者病变。再根据结果去决定需不需要手术治疗，或者采用电子耳蜗辅助，维持听力功能。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
