肥厚性心肌病患者可以选择药物或是手术治疗。
症状轻微的患者可以选择药物治疗来改善病情的症状，常见的药物有β阻滞剂，能够改善心肌供血，加上使用活血化瘀的中药，促进血液循环。严重的患者可能要采取手术治疗。肥厚性心肌病患者，一般通过心脏B超检查可以发现病情，主要是查看室间隔与左室后壁的比例，正常情况下是1公分，如果超过1.2公分，那么可能就会出现流血道的堵塞，引起晕厥、心脏骤停的情况。
此外，患者在日常生活中，要养成良好的生活饮食习惯，避免情绪波动。
一般情况下，如果单纯的肥厚型心肌病，没有发生流出道的梗阻，心功能较好，没有明确的胸闷心悸症状，则可以行中等强度以下的运动。
肥厚型心肌病患者可以做一些低强度的有氧运动项目，不能参加剧烈强度的比赛。低强度的运动包括高尔夫球、保龄球、双打网球、游泳、潜浮、溜冰、骑自行车、散步、徒步旅行和走步机运动等，一般不会影响身体健康。
一般情况下，肥厚型心肌病能治疗，但肥胖性心肌疾病不可能完全治愈，只有在控制病情、降低合并症、防止猝亡的情况下才行。肥大心肌病是一种病因未明的心房病变，其特点是心室壁不均匀肥大，经常侵犯到房间隔，使其心室体积缩小。最好的选择是用药，比如用来抑制心跳的β-受体阻断药，这样就可以使心跳保持在每分钟60到65次之间。如果药物治疗无效，可以选择外科手术进行治疗，有较好的治疗效果。
一般情况下，隐性肥胖性心肌病，主要是由彩色超声、MRI等检测结果诊断为肥胖性心肌病，但一般不会出现明显的临床表现，这些患者一般不会出现明显的运动后胸闷、呼吸困难等表现。因为这些病人的平均寿命都很接近普通人，因此需要密切的关注，并经常进行心电图、心脏彩色超声、MRI等，并注意心室肌肥厚的改变，并注意是否出现了其他的临床表现。若没有明显的临床表现，应持续进行严密的随访；若病人有明显的工作呼吸障碍，可用倍他乐克等药物进行处理；若病人有心脏功能不全，应使用抗心衰的药物；若有心室颤动，应使用抗心衰药物，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
一般情况下，肥胖性心肌疾病是无法完全治疗的。根据左心室出道梗阻和不阻塞，肥胖症的病因可以划分为阻塞性和非阻塞性。梗阻心肌病变可以做外科治疗，但还是会出现心肌肥大的情况。非阻塞性肥厚型心肌病患者无症状、无其它并发症，可以在日常生活中避免过度劳累、戒烟戒酒、养成良好的生活习惯、定期做心脏彩超等，可以延缓肥厚型心肌病的病情发展。
一般情况下，对于肥胖型心肌疾病，药物疗法是最基本的，但后期肥胖型心肌病会导致心力衰竭和房颤，因此需要使用血管紧张素转换酶抑制剂、倍他受体阻断剂、强心利尿药等抗心衰的药物；如果出现了房颤者，可以通过使用氨碘酮和倍他受体阻滞药来降低心律失常，降低患者的心跳，降低患者的心脏功能。对于肥胖性心肌疾病，在晚期采用药物是不能有效的，但对于伴有较重的流道性阻塞患者，建议采用外科手术进行室间切开。不能做外科治疗的病人，可以通过经皮穿刺将无水乙醇注射进腔内，形成室腔内的缺血性坏死。晚期心肌炎的病人，在使用药物或房室隔手术后，均无法达到理想的疗效，此时应考虑进行心肺移植手术。
