男性生殖道感染以尿道黏膜红、肿、痒和轻度刺痛最为典型。
严重者会有尿道口脓液流出，伴有排尿不舒服，或者阴茎增大、尿频、尿急、尿痛甚至血尿等症状。会出现腹股沟淋巴结增大，尿道口会出现稀薄分泌物排出，并且出现炎症加剧，可能会导致急性睾丸炎，附睾炎，前列腺炎和精囊炎。
大体上来说，尿路感染的患者常表现为尿频、尿急、尿痛、下腹痛等不适症状。也有可能出现发热、寒战等全身症状。部分患者可能没有任何症状，仅在尿液检查时发现。
尿路感染可累及泌尿系的多个部位，其中上尿路感染主要为肾盂肾炎（有及急、慢性之分），下尿路感染主要为膀胱炎。急性肾盂肾炎表现为发热、寒战、头痛、全身酸痛、恶心、呕吐等，体温多在38℃以上。膀胱炎表现为尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，部分病人出现排尿困难。
生殖感染不只损害个人健康，殃及家庭和遗害子孙，而且对社会有害，是对人类危害最大，患病范围最广的传染病之一。生殖感染会给人体健康带来很多危害。
感染生殖感染一旦发现不及时，处理不彻底，不但会损伤人体生殖器官而造成不育，而且一些生殖感染会损伤心脏和大脑等机体重要器官而造成死亡。有的生殖感染一感染就很难根治，比如尖锐湿疣和生殖器疱疹等。
女性生殖系统发生感染时，还需具体观察哪个部位发生了感染，其症状各不相同。
例如急性盆腔炎症可有发热、腹部疼痛或阴道分泌物不正常等。而输卵管炎症，临床上称附件炎等，还可有发热、腹股沟处偏痛等症状，如果细心触摸，可摸到类似条索的触感。如果发生阴道炎症时，常出现白带增多、色黄或恶臭，还可伴有局部瘙痒等。
衣原体在不同部位侵染，诱发不同疾病，例如衣原体肺炎、沙眼衣原体、鹦鹉热等，继而出现不同的病症。
肺炎衣原体感染起病时有明显发热，还有全身不适、咽痛及声音嘶哑等不适症状。沙眼衣原体感染可能会引发结膜炎、眼部有分泌物、充血等不适症状。鹦鹉热常表现出非典型性的肺炎，出现高热、寒战、咳嗽等不适症状。
