相比胃镜，肠镜检查更加痛苦。一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟。另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况。
胃镜是要麻醉的。如果没有完全的代谢，很可能会造成呛咳、误吸，导致食品误吸。
1.在一般情况下，胃镜检查后2个小时内是不能进食的；
2.如果对麻醉药物过敏、代谢较慢的病人，一般要用3-4个钟头。
注意患者在进行吞咽的时候，不发生呛咳和喉咙发麻的情况下，是可以进食的。日常的饮食要有一定规律，戒烟戒酒，不要食用辛辣油腻的食品，要定时到医院做全面的体检。
胃镜和肠镜能同时做。
胃镜和肠镜是可以同时做的，清理肠道后要注意不要吃东西，4个小时以后再进行胃肠镜。胃镜检查时患者左侧卧位口咬牙垫，然后用胃镜观察十二指肠和食管的粘膜。结肠镜是通过结肠镜从直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，一直到回盲区，对所有结肠的粘膜进行检测。检查后患者平时多休息，不要劳累，同时也要保持合理的饮食，不要吃刺激和油腻的食物。
无痛胃镜肠镜有危险，具体分析如下：
首先，就是麻醉的风险，虽然是速效麻醉剂，但如果用药不当，很可能会出现精神错乱、烦躁、缺氧缺血性脑病、植物状态、死亡等。另外，与普通胃肠镜相比，因为缺乏沟通，所以在手术中，肠镜会出现充气过多、进镜速度过快，从而增加肠穿孔和系膜的过度牵扯。这就要求有熟练的麻醉师和内窥镜医生配合，才能进行无痛胃肠镜检查。
做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
一般来说，胃镜要稍微比肠镜痛苦一点，具体分析如下：
肠镜和胃镜检查在临床上很普遍，并且随着医疗手段的改进，这两项检查基本都不会非常难受，通常胃镜要稍微比肠镜痛苦一点。建议患者前往正规医院进行胃镜和肠镜，以免导致检查结果出现偏差。如果患者出现不适症状，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
