脑血栓后遗症主要通过药物治疗和康复功能锻治疗来进行。药物治疗主要是使用具有活血化瘀、芳香开窍疗效的中西药防止血栓复发。康复功能治疗则是配合按摩理疗等辅助手段，逐渐改善血循环状况。脑血栓康复治疗是一个长期的过程，必须持续用药和锻炼。
从中医上看，脑血栓都是由瘀血阻滞络脉造成的，但引起瘀血的原因，则不完全相同，而们治疗脑血栓大部分是治疗脑血栓后遗症和预防再次出现脑血栓，所以分清瘀血的形成原因，并加以治疗，就显得非常重要。
脑血栓后遗症主要表现为肢体活动的障碍，同时存在异常头痛，或者有语言障碍，主要因病人的梗塞部位而异，主要的方法是选择性地进行对症疗法。也有控制血压的情况，配合针灸、按摩和康复锻炼。
脑血栓后遗症，在急性期可能会导致病人视力的改变、听力的改变或者吞咽困难、呛咳、肢体功能不好，甚至还会导致丘脑痛，出现情绪的改变。脑梗塞后遗症的病发都在一年以后，常常会出现半身不遂，语言障碍，口眼歪斜等症状。该时期也叫做脑梗塞后遗症期，与恢复期相比，恢复速度及程度较慢。
脑血栓后遗症不能治疗，脑血栓的后遗症，主要是根据血栓形成的部位，是大脑的哪一部分发生了缺血、变性、坏死而遗留下来的症状。不同部位梗塞，血栓所出现的症状是不同的，留下的后遗症也是不一样的。
偏瘫是最常见的脑血栓后遗症。一侧肢体肌力减退、活动不力或完全不能活动。常伴有同侧肢体的感觉障碍如冷热不知、疼痛不觉等。有时还可伴有同侧的视野缺损。失语也是脑血栓的后遗症的症状。运动性失语表现为病人能听懂别人的情况下语，但不能表达自己的意思。感觉性失语则无语言表达障碍，但听不懂别人的情况下，也听不懂自己所说的情况下，表现为答非所问，自说自话。
