肾盂结石应该结合结石的大小，决定怎样治疗。如果结石小于0.5cm，可以多喝水，服用相关药物，适当运动，可以有效的促进结石排出。如果结石大于0.5cm，小于1.5cm，可以做体外震波碎石，可能需要1-2次才能将结石击碎，排出体外。如果结石大于1.5cm，小于2.0cm，可以行输尿管软镜手术。
肾盂结石的治疗，一般治疗，大量饮水及调节饮食。药物治疗，主要包括积极改善症状:疼痛者给予解除疼痛;应用排石药物，直径小于5～6mm很可能自行排出;碱化尿液治疗。外科治疗，主要方法有。体外震波碎石(远端无梗阻者)、经皮肾(输尿管)切开取石术(巨大或复杂结石者)、开放性手术治疗(肾盂输尿管连接处狭窄并结石、全无功能脓肾、结石引起癌变、或体外碎石失败者)。根据结石的不同情况选取相应的治疗。
如果是肾脏内比较小的结石，也可以出现轻微的腰困，腰酸等。如果肾结石比较大，就会出现腰部明显的憋胀不适，尿血等。如果肾结石掉入输尿管狭窄处，还可以出现腹部剧烈的绞痛，恶心，尿频等症状。
小儿眼结石怎么治疗需根据实际情况来判断。
眼球结石又称结膜结石。在成人中常见。儿童患有眼石时应做好详细的检查，一般情况下不会有特别的治疗。如果是结石突出，导致孩子有异物感、不适感，可以通过局部麻醉来去除。应该让孩子平时养成健康的用眼卫生习惯，避免乱揉眼睛，要保持眼睛湿润，尽量处于通风、洁净的环境中，保持温度和湿度适宜。
膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
