长期服用黄体酮可引起子宫内膜萎缩、月经量减少、发生阴道真菌感染。黄体酮是卵巢分泌的一种孕激素，可保护女性的子宫内膜，在女性怀孕期间，可给胎儿早期生长发育提供营养。但因为长期使用会有副作用，所以此药必须在医生的指导下服用。
黄体酮具有妊娠荷尔蒙的功效。它的主要功效是在月经来潮的晚期，能够促进子宫内膜的分泌，有利于受精蛋的着床。同时也可以降低怀孕期间的子宫收缩，降低胎儿的流产几率。黄体激素主要用于月经失调、功能性子宫出血、闭经、黄体功能不足、先兆流产、习惯性流产等。黄体酮是一种激素，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
怀孕吃黄体酮不良反应为体重增加，引起恶心，呕吐，头晕，头痛等症状。
妊娠后服用孕酮可以起到补充孕酮的作用，预防人流的发生，服用孕酮可以起到保胎作用，服用维生素e可以减少副作用。在用药过程中要尽量不要做剧烈的运动，不要同房，这样可以降低人流的风险。平时要多食用一些深绿、富含叶酸的蔬菜，比如菠菜、莴笋等，平时要多吃一些营养丰富的食物。
补佳乐和黄体酮片是调理月经周期，是比较常用的雌孕激素序贯疗法建立人工周期的方法。没有什么副作用。建议如果月经不调，可以在月经来潮的第五天口服补佳乐，连服21天。在口服补佳乐的第11天加服黄体酮片，然后与补佳乐同时停服。最少调理三个月。
在怀孕的时候，如果出现孕酮降低或者是出现先兆流产的症状，比如阴道不规则流血，下腹部疼痛或者是腰痛的情况，临床上就要口服黄体酮安胎，绝大部分人口服黄体酮没有什么反应，但是黄体酮胶丸往往会引起头晕，只要是晚上睡觉之前口服，就会避免头晕现象的发生，并且在用药期间一定要同时卧床休息，这样才会提高安胎成功的几率。
该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
