对泌尿生殖道支原体和衣原体感染治疗、多采用四环素类、大环内酯类、喹诺酮类及大观霉素、克林霉素等抗生素、一般疗程为7～10天.如果细菌培养发现有耐药菌株存在，进行药物敏感试验、以便选择敏感药物进行治疗。
再治疗一个月，就可以进行复查，如果没有问题，可以再等三个月后进行再次检查。检查都没有问题，就算是彻底的治好了。在治疗之后也不能放松，保养身体，要从饮食睡眠，运动等各方面来对身体进行充分的保养，以免身体再次感染上支原体。
支原体感染通常会引起呼吸道感染症状、泌尿生殖道感染症状、皮肤黏膜感染症状等。
支原体分肺炎支原体、解脲支原体、人型支原体，不同支原体感染的部位不同，症状也不同。患者应根据自身情况来判断自己是哪种类型的支原体感染，可在医生的指导下使用抗生素进行治疗。
支原体感染不一定是肺炎。
支原体肺炎属于引发肺炎的原因，但感染支原体不一定就是肺炎。支原体感染肺是由于支原体肺炎感染而引起的，而感染肺部的病毒、细菌和其他非典型的致病性的细菌也可能引起肺炎。支原体肺炎主要有发热、头疼、口渴、胃口下降等症状，在治疗上，可以选用抗支原体的药物，比如大环内酯类抗生素。
HPV不是支原体感染。
HPV指人乳头瘤病毒，能引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖，不是支原体感染。人乳头瘤病毒是一种病毒感染，支原体是一种介于病毒和细菌之间的微生物感染。支原体感染可以使用抗生素治疗，而对于高危人乳头瘤病毒感染目前还没有很好的药物。
