头孢克肟的主要不良反应有消化道反应，例如腹泻，皮肤症状，部分可出现皮疹。还可以导致嗜酸性粒细胞增多，和某些临床检查值异常。严重的不良反应，有休克，过敏性症状，例如呼吸困难，血管性水肿，荨麻疹等。也可引起粒细胞缺乏症，溶血性贫血等，对肾功能有一定的影响。还可引起一些皮肤的病变。
一般情况下，头孢三代抗生素是一种口服的头孢三代抗生素。有用药的宝宝可以放心服用，但也有一些不良的症状，比如肠胃的反应，有些小孩服用后会出现恶心呕吐甚至拉肚子等症状。一些儿童比较容易发生皮肤瘙痒、咳嗽加重等症状，服用了头孢克肟后要马上停止使用。如果使用了长时间的头孢克肟，尤其是儿童有痢疾，很可能会引起肠道菌群失调，引起二次感染，从而加重痢疾等情况，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
这种药物服用过量的副作用可发生哮喘、眩晕、耳鸣、出汗、皮肤粘膜红斑、水疱、烧灼感、疼痛，还有的表现为溶血性贫血、血小板减少、点状出血、紫斑、血红蛋白尿等。如果出现腹痛，反复的腹泻应立即停止给药，并采取适当的处置措施。
可以一起吃。利巴韦林是抗病毒药物，头孢类属于抗细菌类药物，两者一起服用并没有冲突。上呼吸道感染初期，有咳嗽、咽痛等症状，一般考虑由病毒性感染引起，可以给予利巴韦林口服。
头孢克肟和阿奇霉素不可以一起吃。阿奇霉素和头孢菌素属于不同类别的抗生素，头孢属于β-内酰胺类抗生素，而阿奇霉素属于大环内脂类，前者倾向于治疗普通细菌所致的感染，而后者对支原体、衣原体有杀灭作用。
