一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
最早在怀孕五周的时候，就可以通过阴道B超看见孕囊，由于每个人的月经周期是不同的，受孕的时间也是有短时间的区别，所以在B超上能最早见到孕囊的时间也是不同的。
怀孕时间比较短，检查不出来孕囊也是正常的，建议注意卧床休息不要做剧烈的运动，怀孕的前三个月胎儿发育不稳定的，最好等到怀孕三个月的时候再去检查比较好一定要加强身体的营养。注意下是否有出血或是疼痛加剧的情况，如果有要及时检查。
此时卵巢功能已经在衰竭的路上了，没有月事六个月已经是闭经了。在该绝经的岁数绝经没有什么不好的。卵巢已经衰竭通常就不能逆转了。即使用药让子宫每个月出血，也只是药物性的出血而不是自然月事，不表示卵巢功能就恢复，药物的副作用远比让子宫每个月出血带来的那点心理安慰要大得多。
首先来说第一个因为月经已经停了很长时间了，如果是怀孕是应该能查到的，那么需要第一个是做一下血液方面的检查，动态观察血hcg和子宫附件超声情况，正常宫内孕血hcg是呈隔日翻倍增长的，宫外孕增长慢，如果左侧卵巢无回声进一步增大，宫内还是没有孕囊，可以确定是宫外孕。
