骨髓炎严重。自20世纪起，骨髓炎的致死率和致残率一直居高不下，死亡率高达20%。目前，由于医学技术的发展，手术和抗生素的使用，使致残率和致死率大大下降。这种疾病曾经被称作是不死之癌，就像是癌症病人一样，会一直持续下去，而且随时都有可能复发。年轻病人的病情控制相对比较好，有些病人的病情可以维持几十年，甚至十几次的外科手术，但是炎症的控制仍然很差。整体来看，大部分病人的病情都比较重。
在治疗上关键在于早期诊断，早期控制感染，防止死骨形成，避免转为慢性骨髓炎。早期需要联合应用大剂量有效抗生素，通常在体温恢复正常后，仍继续使用两周左右。抗生素治疗2-3天，不能控制局部症状时，应即刻手术治疗。局部制动固定，缓解疼痛。慢性化脓性骨髓炎以手术治疗为主，原则上是清除死骨，炎性肉芽组织和消灭死腔。
骨髓炎的治疗方法有药物治疗和手术治疗。药物治疗如左氧氟沙星等。手术治疗又可分为穿刺吸引术、开窗引流术、带蒂肌肉瓣充填术以及截肢术。如果是骨髓炎的急性发作，可以使用一些抗生素来治疗，局部关节疼痛时可以使用止痛消炎的药物。骨髓炎的病人如果有严重的脓肿，可以住院进行局部切开引流，主要是钻孔引流术和开窗减压，术后还要进行患肢功能锻炼，在康复初期要注意控制运动强度，以免发生骨折。
大多骨髓炎通过科学治疗是能治愈的，具体治疗情况要看骨髓炎分型，例如急性骨髓炎，通过积极的治疗，大部分急性骨髓炎可以治愈。但如果迁延成慢性骨髓炎，治疗时间较长，可能几年或几十年，彻底治愈较困难。
骨髓炎通过以下方法治疗最好：
对于骨髓炎的治疗首先要清除病灶，做到既不损伤正常的组织，又要准确保护骨与组织的完整性，给患者带来最小的伤害而获得最大的利益。之后行反复的冲洗，伤口内部使用抗生素控制炎症，使敏感药物直接作用在病灶处，全面彻底清除细菌。再次将较近的正常组织或者是松质骨充填缺损处，通过加压、牵拉，使骨获得再生重建，并且最后可给予中药的调护，提高患者的全身免疫力和抵抗力以加快骨髓炎的恢复。
