对于肾盂囊肿，包括肝肾囊肿，如没有症状或长的速度很慢，一般不要治疗。对于生长很快的囊肿或有压迫临组织的囊肿还是主张手术治疗。药物对囊肿的吸收基本无效。半年到一年复查一次B超，如有不适及时复查。吃药可能效果不好，还增加心理负担和经济负担。
问题不大的，也就是说可以不用做手术处理，那么如果是周边的一些组织都会受到影响，那么就不能够停止任职，可以采取更有效的方式进行切除，可能效果相对来说会更好一点，但是也需要看身体情况。
目前手术治疗首选腹腔镜下肾盂旁囊肿去顶减压手术。因为囊肿和肾盂的关系密切，手术有一定的难度，术后出现漏尿的几率也比一般肾囊肿的手术要高一些。术后要密切观察引流量，如果出现漏尿，引流管要长期置放，以致形成瘘道后再拔除。
以清淡为主，食用富含营养的物质，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜食用刺激性、海产品等。巧克力囊肿手术之前应该做足术前准备，先提前冲洗阴道，然后积极消炎，防止术后感染，要空腹做手术，要在月经干净后3-7天后做手术，手术之前应该禁止性生活，保持心情良好。
如果检查发现有卵巢囊肿，但是体积比较小，并且是单发的，囊肿回声比较好，考虑是生理性囊肿，一般不必过于紧张，在下次月经干净以后往往再b超检查就会消失，生理性囊肿在饮食上没有特殊忌口的。但是如果属于病理性卵巢囊肿，在饮食上要注意清淡一点，避免高热量以及高脂肪的食物，另外过于寒凉辛辣的食物也应当避免。
