一般情况下，怀孕后支原体、衣原体感染可以在医生的指导下服用大环内酯类药物治疗，比如：阿奇霉素。
支原体、衣原体感染可以经胎盘垂直传播或逆行性感染，引起宫内感染，可导致流产、早产、胎儿宫内发育迟缓等，小孩出生时可能会导致感染，出现结膜炎等。对于孕期的特殊感染，除了支原体、衣原体，还有弓形体、巨细胞病毒、风疹病毒等。这些特殊感染可能会造成胎儿畸形，要及时筛查，及时处理。
检查支原体衣原体就是查有没有这两类病原体的感染，因为支原体衣原体感染是属于性传播疾病。而且在女性怀孕以后，可能会引起出现自然流产，甚至是胎儿畸形的风险。所以可以作为常规的孕前检查。在检查出现支原体衣原体阳性的情况下，都需要做药敏实验来选用具体的药物治疗，治疗时需要夫妻同治，以免导致出现再次交叉感染。
支原体、衣原体感染一般不需要太担心。对于支原体、衣原体的感染，目前最主要的方式就是抗感染治疗，抗感染治疗一般选用大环内酯类的药物，对于一部分症状比较轻的患者，也可以不治疗。因为支原体衣原体的感染具有自限性，适当使用抗感染的药物，可以明显缩短病程减少并发症。
支原体的检查结果是阴性的，提示身体里面不存在支原体感染。衣原体检查结果是阳性，提示衣原体感染。衣原体的感染需要进行分泌物的检查、药敏试验的检查，根据药敏试验的检查结果，规范的选择抗生素抗感染治疗。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
女性衣原体支原体可以通过以下方式进行治疗：
女性衣原体支原体可以通过中药治疗。也可以进行理疗，能够迅速缓解症状，控制炎症的发展。并且患者平时要少吃一些辛辣的东西，多吃一些清淡的东西，比如酒、海鲜、韭菜、羊肉等，多吃一些发物。建议到正规的公立医院进行详细的检查和处理。
