甲状腺囊肿的治疗方法因情况而异：
1、囊肿较小，无症状者，建议患者观察、随访即可，每年复查超声及甲功观察囊性肿物变化。
2、但出现囊肿大、压迫症状，如气管移位、患者呼吸不畅等症状，可尝试手术治疗。当然，部分医院尝试囊肿穿刺抽吸囊液，这种治疗方式效果不太肯定，且复发率相对较高。
3、如果囊性肿瘤是囊性的，而不是纯囊性的，这将引起一定的重视。此时，应观察囊性肿瘤的实性成分、大小及形态。尤其是有一定恶性超声表现时，需进一步检测，治疗可能需要手术干预。
甲状腺囊肿一般大于3公分以上建议切除手术。
具体应该结合囊肿的性质和症状来决定。患甲状腺囊肿值得重视，首先经过彩色多普勒观察囊肿的具体情况。形态、血流无异常、体积不大、3厘米以内，检查甲功各项指标也在正常范围内，可先不切除，手术给予保守治疗，定期复查。经保守治疗仍不能得到有效控制时，囊肿生长速度快，出现吞咽障碍、呼吸困难、声嘶不适，并有恶变迹象时，应及时行手术切除，避免严重后果。
甲状腺囊肿是很少出现癌变的，但是也有可能癌变，出现囊肿可马上采取手术切除，问题应该不大，如果放任它不管，囊肿也会变大而引起一些不良反应。可以每天多食用一些新鲜的蔬菜和水果。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿没有明显的症状就没有危险，也不需要进行治疗，是属于良性的病变，如果有明显的胀痛或者压迫症状，并且囊肿大于3公分以上，就需要通过手术治疗切除后送病理检查以明确具体性质。
一般情况下，甲状腺囊肿手术不是大手术。
如果甲状腺囊肿是良性的，一般都需要通过外科手术进行治疗，如果是大的，可能会对颈部的美感造成一定的影响，甚至会对动脉、神经、气管造成一定的压力。手术并不复杂，过程简单，时间短，一般都是单纯的摘除甲状腺囊肿，而不是切除其他的甲状腺组织。术后不会出现甲状腺功能下降、甲状腺激素较低的情况，但是术后要密切关注局部的情况，避免出现大出血或气管崩塌等。
