通常情况下，怀孕期间可以做亲子鉴定，一般在孕4-8个月比较适合做。
具体来说，亲子鉴定主要有两个方面：羊水亲子鉴定绒毛膜亲子鉴定。
1.羊水亲子鉴定：首先要做的是，抽取羊水，从羊水中抽取脱落细胞，用试剂提取DNA物质，然后与男子的DNA进行比对。
2.绒毛亲子鉴定：一般在怀孕八周后进行，需要提供母亲的样本进行绒毛检测，然后提取样本细胞核中所含的DNA，再进分析。担忧已孕初期胚胎发育不成熟，绒毛穿刺易引发流产，一定要在正规医院，由专业医生进行检查。
怀孕四个月就可以进行亲子鉴定了。
在孕妇怀孕三个月以后，羊膜腔内的羊水就会逐渐形成，四个月时月时羊水基本充足，这个时候就可以进行羊膜腔穿刺，通过抽取羊水进行DNA鉴定。最好是在四个月后才进行羊膜腔穿刺，因为过早的话，羊腔膜内羊水比较少，所以穿刺起来会比较困难，而且也有可能会对胎儿造成伤害。所以一般建议最少在四个月以后进行。
怀孕期间是可以做亲子鉴定的，在最早期时，可在怀孕的2个月左右，用特定仪器取绒毛这时就可做DNA鉴定，也可在怀孕4个月左右抽取羊水，然后做胎儿DNA鉴定，这两种检查方法都比较准确，能够达到99.9%以上。
羊水穿刺是产前检查的一种方法。需要用穿刺针刺破羊膜腔，抽取羊膜腔内的羊水。是安全的，对母体和胎儿均不会造成伤害，但也存在一定的危险性，的并发症是导致胎儿流产，不会超过1%，在B超下做正确的羊水穿刺将避开胎儿。这样对孩子造成的损伤就更小了。
有可能设备技术达不到要求，那么做出来的结果可能会有影响，另外做亲子鉴定这方面本身来说也有不同的项目。其次就是存在一个合法性的问题。不同的实验室收费也不一样，还有你做的项目也有关。
做完羊膜穿刺可能会有一些危险性，主要包括：
1、穿刺有可能造成流血，对胎盘的刺激可造成胎盘的大出血。
2、会造成对胎儿的伤害。
3、会导致羊膜腔的炎症，导致子宫受到严重的影响，从而影响到母体和胎儿的健康。
4、穿刺导致的羊膜破裂。羊水穿刺后要密切注意孕妇和胎儿在子宫里的状况，因为羊水会从断裂的动脉流入到血液中。在进行B超彩超的时候要先进行羊水的检查，确定羊水的状况，如羊水量不足，需要在B超的辅助下进行羊水穿刺。
如果出现腹痛、子宫胎动、头痛、头晕等不适，应立即告知医生，采取治疗。
