手背腱鞘囊肿可以采用自愈、手术切除等方式进行治疗。
手背腱鞘囊肿需要通过彩色超声来确诊，同时还可以考虑到其他原因引起的包块，例如脂肪瘤等。若无显著痛楚或影响正常的肌腱鞘囊肿，则可以进行观测，或挤压后自行愈合。如果是比较大的腱鞘囊肿，或有明显的功能障碍，或有其他的包块扩大，则要做外科手术，根据术后的病理结果来确定。
肌腱鞘囊肿术后，在工作中要注意用手的动作，术后3-4个星期以后，可以用手指进行活动。
腱鞘囊肿保守疗法无效，建议做外科手术，术后2个多月即可完全康复，术后要注意伤口的清洁和干燥，注意换药，不要接触到水分，以免引起细菌的化脓感染，治疗期间患者要注意保证充足的睡眠时间，养成良好的生活习惯，同时要定期前往医院进行复查，有助于病情的恢复。
通常情况下，腱鞘囊肿中医可以通过使用药物、针刺治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
使用药物：腱鞘囊肿中医治疗时，可以安静消炎镇痛膏、麝香止痛贴膏、云南白药膏等把膏药敷到患处，可以起到消肿化脓、活血行气的作用。
针刺治疗：腱鞘囊肿中医治疗时，根据囊肿的部位及症状，选择合适的穴位，可以很好的治疗腱鞘囊肿。
如果腱鞘囊肿患者没有出现明显不适症状，可以不进行特殊的治疗。若出现不适症状或并发症时布不治疗，可能会导致病情加重。
腱鞘囊肿是一种良性的肿瘤，一般不会对人体产生任何的伤害，所以不需要特别的处理。但如果是大关节的腱鞘囊肿，会影响到关节的运动，尤其是扩张之后会压迫到神经血管，那么囊肿就需要进行特殊的治疗，将腱鞘囊肿去除，以消除压迫组织，恢复四肢的运动，缓解四肢的麻痹，改善四肢血液循环。
脚踝腱鞘囊肿可以通过针刺、药物治疗等方式改善。
脚踝腱鞘囊肿要根据囊肿的体积和局部的压力来决定，如果囊肿很小，直径小于2cm，可以采取保守疗法，比如在外用热敷，可以用针刺，进而可以对局部进行封闭，但是对于大的腱鞘囊肿，或是压迫到了周边的神经动脉，引起了足趾的麻木和痛苦。这时需要进行药物治疗，起到止痛的作用。
