子宫内膜异位有药物治疗，采用药物来对抗和抑制卵巢的周期性内分泌刺激，目前常用的有假孕疗法和假绝经疗法。手术疗法，病变体积较大，发生在其他部位的子宫内膜异位结节直径在2厘米以上者，不宜用药物控制而需手术治疗。
子宫内膜异位常见的中医治疗方法是通过温经、活血、祛瘀使月经正常，痛经逐渐消失，异位包块、巧克力囊肿被溶解、吸收、消散。同时还能促进卵泡生长及促排卵作用，所以女性可以受孕，受孕后对胚胎无任何不良影响。
根据每个病人的具体情况进行个体化的手术治疗。经腹腔镜手术还是开腹手术取决于操作者的经验和技术，不完全取决于疾病期别。子宫内膜异位症手术治疗通常有三种方式，即保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术。
如果有生育要求，可以先怀孕，怀孕后对子宫内膜异位症有一定的治疗作用，如果没有生育要求。建议经期少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生。
一般情况下，子宫内膜异位的处理方式如下：
1、妊娠分娩是最好的治疗手段，在怀孕和哺乳期间可以起到压制作用，防止内异症，压制病灶，使病灶萎缩、吸收；
2、如果患者无痛经、短期内无生育要求、盆腔B超无包块等症状，可以进行常规的随访，一般是半年或一年一次的妇科或B超；
3、对于疼痛明显、B超包块大、有生育需求但又不能怀孕的患者，应采取外科、探查、术后用药等措施。
子宫内膜异位症治疗方法大概包括手术和药物治疗。手术主要是切除病灶，提高生育能力，这是手术的目的。手术以后，这种病特别容易复发，所以为了防止复发会采用药物，包括GnRHa、其它一些口服药来减少子宫内膜异位症的复发。除了手术、药物，也可以考虑中西结合的方法来进行治疗。
