肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
手术以后的饮食就非常重要，首先要进食容易消化的食物，多吃水果和蔬菜，尽量保持排稀便，纠正便秘，适当的进行功能锻炼。并且要避免暴饮暴食，每次在排便之后要及时的进行清洗，并且找医生进行换药。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘形成的原因主要是因为肛窦感染以后，肛窦炎导致肛腺管开口充血、水肿，肛腺内分泌物排出不顺畅，导致的感染向直肠或者是肛管方向扩散，如果扩散到肛门，容易形成肛周脓肿，脓肿破溃以后形成外口，就形成了肛瘘；肛瘘形成的原因还有可能是外伤、手术等引起，有时候进行灌肠、肛门镜检查的时候可以损伤肛管直肠，造成细菌入侵或者引起感染；另外，不良的生活习惯、饮食习惯也是肛瘘的原因之一。
