氯氮平的副作用，有以下几种，镇静作用强和抗胆碱能力有不良反应的角度，常见的有头晕、无力、嗜睡、多汗、流口水、恶心、呕吐、口干、便秘，心动过速。常见食欲增加体重的增加。可引起心电图异常改变，可引起脑电图改变或癫痫病的发作。严重不良反应为粒细胞缺乏症以及继发性感染。可引起尿失禁和中枢系统紊乱。
氯氮平的相对严重的副作用是白细胞下降，属于较危险的副作用，需要定期检查血常规，观察白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物，若白细胞下降较明显，需到血液科进行治愈。
氯氮平治疗精神分裂症疗效可靠，且价格便宜。但本药副作用大，长期大量使用氯氮平会导致血液成分的异常，损伤肝脏肾脏或引发糖尿病、体重增加等。一般不提倡将本药用作治疗精分的首选药物。建议用药期间定期查心电图、血常规、肝肾功能和空腹血糖。
氯氮平作为非经典抗精神病药物的代表，有着不可取代的地位，因为氯氮平的作用非常广泛。氯氮平治疗精神病的效果特别明显，可以治疗精神分裂症，可以治疗双向情感障碍躁狂发作，也可以用于锥体外系副反应的治疗，但是因为氯氮平有个特别严重的副反应，粒细胞减少。
服氯氮平后多数病人有便秘症状，可辅助通便类药物缓解。还有可能白细胞下降，属于较危险的副作用，建议定期检查血常规，观察病人白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物。
