如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
肝内胆管结石需要做手术治疗，要到大型的医疗机构去做手术，有手术治疗、激光碎石、中医治疗。如果一旦引起梗阻，有可能会引起很多并发症。增加鱼、瘦肉、豆制品、新鲜蔬菜和水果等富含优质蛋白质和碳水化合物的食品食用量，以保证热量供应，从而促进肝糖原的形成，保护肝脏。
肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内的钙化灶，如果不大，没有压迫正常的肝脏组织，也没有压迫肝内胆管，一般不会有什么明显的危害，而肝内胆管结石就不一样了，如果结石比较大，会堵塞胆道，引起阻塞性黄疸，所以需要及时进行治疗，如果保守治疗的效果不好，就需要采取微创手术治疗。
肝内胆管结石伴有胆管炎症的，饮食上需要更加注意。对于辛辣刺激食物也不能吃太多，如辣椒，大蒜，生姜，韭菜，芥末，尖椒等。这些食物可导致刺激胃粘膜，引起消化不良以及十二指肠乳头水肿，导致胆汁反流以及引流不畅，最终会引起胆管结石炎症反复发作。
