小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
婴儿腹泻推拿的方法是按揉宝宝的足三里，以膝盖髌骨下方的凸起处为起点，向下四指宽胫骨外侧，用大拇指的指肚按揉这一点100-200下。也可以把手掌摊开，放在宝宝的腹部，逆时针轻揉50下左右，但一定要逆时针揉腹，顺时针揉腹则是调理便秘的。还可以让宝宝平躺在床上，用一手的食指、中指、无名指并拢，用三指指腹在宝宝腹部绕圈按摩。以腕关节连同前臂作顺时针或逆时针方向环形移动摩擦，每次3-5分钟。
腹泻好多次，要先查明原因，患者可以到医院进行便常规，粪便细菌涂片及培养，再根据病因进行针对性治疗。
若为急性肠胃炎可给予诺氟沙星，黄连素和蒙脱石散。慢性之肠炎或结肠炎者，可给予肠炎宁和柳氮黄吡啶，溃疡性结肠炎者，则应给予美沙拉嗪或中药灌肠。腹泻较严重者，应给予甲氰咪胍，硫酸阿米卡星和氨基酸输液治疗。
应该将小孩子服用药物后的情况反馈给主治医生，按照医生的意见来进行下一步的治疗，另外如果母乳喂养要缩短喂奶量，这样可以减轻小儿肠胃的负担。还要给宝宝补充口服液，防止脱水。小孩子腹泻原因有很多种，有受寒引起的，也有食物的因素。
宝宝有腹泻的情况，首先家长需明确具体原因，再通过饮食以及药物来对症调理。
宝宝的胃肠功能以及免疫功能较差，不能够完全吸收和消化所摄入的食物，并且还可能会因为受凉感冒等原因引起腹泻的症状。想要改善这种情况，建议家长在饮食上多以清淡易消化为主，可以给宝宝吃一些软烂的面条、小米粥、山药羹等，不仅能缓解腹泻的症状，还能够补充所流失的营养。若通过饮食调理后效果不佳，则建议给宝宝服用药物来治疗，如丁桂儿脐贴等，其中丁桂儿脐贴是一种外用中药贴剂，不经口服，不会造成肠胃和肝肾负担，适用于因伤寒所致的腹泻、腹胀等问题，药物可抑制肠蠕动，发挥健脾温中、散寒止泻的功效，对于受凉或是病毒性腹泻效果较优。
