当孩子患有沙眼疾病，或眼睛和牙龈出现瘙痒，包括易流泪的症状。应积极应用硫代乙酰胺钠滴眼液以适应病情，并在患处应用金霉素眼膏进行治疗。在严重的情况下，甚至有必要看眼科检查沙眼滤泡挤压。平时，要注意卫生，单独使用毛巾，用开水烫等。
沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
轻微的干眼症可以点人工泪液(有药水、药膏、凝胶等型式；另有不含防腐剂，戴隐形眼镜时可点之产品)、睡前点润滑药膏，热敷、按摩则可刺激泪液分泌。治疗主要在于减轻干眼的症状，避免角膜的伤害，维持眼球光滑清晰的表面。可以点人工泪液，睡前点润滑药膏，热敷、按摩则可刺激泪液分泌。
如果孕妇在孕期被沙原衣原体传染，那么会造成胎儿的流产，甚至是畸形，患者可以通过药物治疗、生活护理来改善。
怀孕时出现的沙眼衣原体感染，需要做药敏试验，选择敏感的药物。若无法进行药物敏感试验，则应采用阿奇霉素进行临床试验，以解决衣原体感染。至于像是红霉素和左氧氟沙星这样的药物，一般都不能在怀孕的时候服用，否则会导致孩子出现畸形。
