超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
对于小于8cm的巧克力囊肿，可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；而对于较大的巧克力囊肿，需要以手术治疗为先，以防巧克力囊肿因身体运动引起缔结扭转或破裂而加重病情。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
卵巢巧克力囊肿并不是都需要进行手术，到医院进行检查，通过医生的检查之后才能够给出正确的治疗方法，若囊肿直径小于5cm，没有明确症状可以不治疗，可以2-3个月进行一次复查。若随访中发现囊肿增长较快，手术剔除囊肿并做病理检查。
巧克力囊肿是需要做手术切除的。当然每个人的病情不同，囊肿的大小和性质也不同。需要在专业的医院做全面的检查之后，医生会根据病情制定全面的合适的手术方案，另外，手术以后，也是要服用一些药物进行辅助恢复的。
卵巢巧克力囊肿采用的是微创(腹腔镜)手术，腹腔镜手术就是在腹部的不同部位做数个直径5～12毫米的小切口，通过这些小切口插入摄像镜头和各种特殊的手术器械，将插入腹腔内的摄像头所拍摄的腹腔内各种脏器的图像传输到电视屏幕上，外科医生通过观察图像，用各种手术器械在体外进行操作来完成手术。
