一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
怀孕侯b超看不到发原因如下：
怀孕6周左右的时候腹部B超才能观察到孕囊，此时检查不出可能是怀孕时间短造成的，B超提示子宫稍大说明子宫做好调节接受受精卵着床，现在B超看不出来是因为受精卵还未到子宫，宫外孕要到45至50天以上才能看出来，当然也是做B超。如果这期间出现突然腹痛，阴道出血，请立刻去医院检查。
可能是患有前列腺炎，男性前列腺炎可以出现尿频腰困等不适，患者同时伴有排尿时出现黏稠的前列腺液或者会阴区胀痛等不适，久而久之可以引起焦虑等症状。需要患者进行前列腺B超和前列腺液常规检查、培养检查来进一步排除。
肾结石的检测有多种方式，B超看不到，可以进行各种的检查。
一些肾结石在B超下是看不见的，可以通过尿的化验来确定是否含有尿中的红细胞，通常来说，有肾结石的病人尿中都会出现潜血，还可以进行x线检查，这是确诊尿道结石的主要手段，比如：尿道的平片、排泄的尿道造影、肾盂造影、经皮肾穿刺的造影等。CT检查是目前检查肾结石的主要检查方法，比X线和B超更好。
患病后，患者应该注意多饮水。
由于怀孕前两个月的时候，孕囊较小，因此，很可能B超上是看不见的。也会有宫外孕的情况，但概率很小。通常情况下，妊娠4-5周时超声检查可见到孕囊的位置，结合血中HCG的含量，可判断是否为宫内孕或宫外孕。若经腹超声观察不到，可能需要改为经阴道超声。
正在准备怀孕的妇女，如无阴道出血、腹痛及其他症状还应于停经后约50天时去医院就诊，必须在医生的意见下进行B超检查，清楚是否为宫内妊娠或宫外孕。
早孕的诊断，首先是在同房十天以上去化验静脉血，检测人绒毛膜促性腺激素水平的含量，如果超过正常参考值，就可以诊断早孕，这是判断早孕的一个金标准，但是如果想通过超声来查找孕囊，判断早孕，需要等怀孕35天以后才可以查到孕囊以及原始心管搏动，如果时间过早就查不到，所以早孕检查的超声应在40天左右再去做的。
