胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。
胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃间质瘤不属于癌症，而属于肉瘤，并且具有潜在恶性。胃间质瘤的恶性程度，需要依据肿瘤的大小和病理组织进行判定。胃间质瘤的恶性程度可以决定其治疗方式，主要以手术和术后辅助治疗为主。
胃间质瘤首先应该考虑选择手术切除肿瘤这样的治疗方案，手术方式主要采用胃楔形切除术。该手术方式适用于肿瘤位于胃底、胃体部位，且肿瘤突出于浆膜，肿瘤直径在1.0cm～3.0cm。
胃肠道间质瘤这种疾病确实在临床上很容易反复发作，即便是做了手术也可能会复发，通常这种胃肠道间质瘤要看具体的病理情况必要时采用化疗的方法治疗。同时可以咨询一下做手术的医生，提供一个合理的治疗方案。
术后一旦恢复正常就可以出院，定期进行复查，避免复发。饮食方面禁食油腻辛辣刺激食物，禁烟禁酒，增加营养的摄入，在医生的指导下规范服药，如果有不舒服的情况及时就医。
