氯氮平的相对严重的副作用是白细胞下降，属于较危险的副作用，需要定期检查血常规，观察白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物，若白细胞下降较明显，需到血液科进行治愈。
氯氮平的副作用，有以下几种，镇静作用强和抗胆碱能力有不良反应的角度，常见的有头晕、无力、嗜睡、多汗、流口水、恶心、呕吐、口干、便秘，心动过速。常见食欲增加体重的增加。可引起心电图异常改变，可引起脑电图改变或癫痫病的发作。严重不良反应为粒细胞缺乏症以及继发性感染。可引起尿失禁和中枢系统紊乱。
氯氮平治疗精神分裂症疗效可靠，且价格便宜。但本药副作用大，长期大量使用氯氮平会导致血液成分的异常，损伤肝脏肾脏或引发糖尿病、体重增加等。一般不提倡将本药用作治疗精分的首选药物。建议用药期间定期查心电图、血常规、肝肾功能和空腹血糖。
氯氮平作为非经典抗精神病药物的代表，有着不可取代的地位，因为氯氮平的作用非常广泛。氯氮平治疗精神病的效果特别明显，可以治疗精神分裂症，可以治疗双向情感障碍躁狂发作，也可以用于锥体外系副反应的治疗，但是因为氯氮平有个特别严重的副反应，粒细胞减少。
服氯氮平后多数病人有便秘症状，可辅助通便类药物缓解。还有可能白细胞下降，属于较危险的副作用，建议定期检查血常规，观察病人白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物。
为抗精神病药。对精神病阳性症状有效，对阴性症状也有一定效果。适用于急性与慢性精神分裂症的各个亚型，对幻觉妄想型、青春型效果好。也可以减轻与精神分裂症有关的情感症状用于精神病阳性和阴性症状。