早期胚胎停育原是由于胚胎染色体异常。当存在胚胎停育的主要危险因素，包括胎儿父母的年龄较大，孕妇子宫畸形，盆腔感染与免疫病，弱危险因素包括既往自然流产史，不孕及辅助生殖，孕期药物使用，孕期咖啡因/吸烟/酒精暴露，肥胖，甲状腺功能不全等可能发生。
主要有以下几个因素1.胎儿因素：胎儿存在染色体异常或脏器发育异常，导致胚胎停止发育；2.母体因素：各种因素导致体内环境处于异常状态，影响胎儿发育；3.父亲因素：染色体异常造成胚胎不能正常发育；4.环境因素：环境因素导致胚胎停止发育。如果做检查，就要四个方面做详细的检查，而且是夫妻双方的。还有外界环境，污染，辐射等因素。
胚胎停止发育的病因，包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素，胚胎因素是胚胎或者胎儿的染色体异常所致。母亲的因素包括孕妇患全身性疾病，比如严重的感染，高热，或者生殖器官发育异常，比如子宫畸形，内分泌异常，强烈的应激与不良习惯。父亲的因素主要是精子的染色体异常，环境因素包括过多接触放射线或者重金属等化学物质。
胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胚胎染色体异常，如果父母一方染色体异常，胎儿染色体就可能出现异常，导致流产：染色体缺失，重叠，倒位以及平衡易位等，但这并不代表着夫妻双方染色体正常，胚胎染色体就一定没有问题。
一般怀孕早期胚胎停育有两个原因，不是母体自身疾病的原因，就是由于激素不平太低，可能是由于体内激素太低，不能提供胚胎发育所需要的营养，造成了胚胎停育，一般是hcg水平太低或孕酮不足导致的，这两个是临床上多见的原因。
