南瓜子可以生吃，但是多吃不易消化，会排较多肠气。生南瓜子有一定毒性，少量吃可以打虫，吃多会中毒。南瓜子晒干，熬水喝可以有杀虫的功效驱猪肉绦虫，蛔虫都是很有效的。
熟南瓜子可以杀虫止痒、利水渗湿、消肿止痛、通经下乳，对于寄生虫性疾病有很好的改善作用，而且可以加速身体内水分的代谢，能够改善四肢肿胀的现象，而从营养学的角度来讲，南瓜子中的纤维素、维生素、钙离子的含量都比较丰富。
一般情况下，肾结石吃南瓜子管用，南瓜子可以清除淤积性肾结石，但不能直接用于治疗。如果有肾结石，建议进行常规的检查，检查肾脏的大小和部位有没有变化。
平时要多喝水，多排泄，尽量不要吃含柠檬酸和草酸的食物，尽量少吃含钙的食物，避免出现肾结石加重的情况。另外，由于高尿酸血症导致的肾脏疾病也会导致肾脏疾病的发生，所以患者平时不要吃海鲜、啤酒、火锅等食物。在进行药物治疗的同时，要多喝水，多排尿，多运动，以促进体内的小结石排出。
南瓜子油中含有大量不饱和脂肪酸，它能加快人体内脂肪酸代谢，也能抑制人体内过氧化脂质生成，平时经常食用能软化血管净化血液，还能清理血液中的胆固醇与甘油三脂，能让人类的血压与血脂保持稳定正常的状态。南瓜子油还是一种能健脑益智的食用油，这种油中含有丰富的维生素的矿物质还含有一些植物磷脂，被人体吸收以后促进脑细胞再生，也能促进智力发育提高记忆力，能让人类的大脑功能明显提高，也能变得越来越聪明。
南瓜子是一种营养价值比较丰富的食物，但是摄入体内过多有可能会吸收过度的植物油，引发脂肪堆积，从而形成肥胖现象。而且南瓜子有轻微的毒性，会刺激人体的肝脏，引发恶心、呕吐、腹痛、腹泻等现象，所以应该不要吃的特别多。而正常人群适量的吃一些南瓜子可以灭菌杀虫，有利于改善肠道功能，对于肠道寄生虫性疾病有很好的调节作用。
南瓜子不要生食。生食不但口味不好，而且食用后的保健作用不大。还有已经氧化腐败的南瓜子不要食用，食后容易引起恶心、呕吐、腹痛。胃热病人宜少食，否则会感到脘腹胀闷。