肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
痤疮要多喝水，少吃油腻的食物，不要抽烟、喝酒、吃辛辣的食物。少用化妆品。用热水洗。注意不要挤压，否则很容易造成感染。可以同时口服药物。多吃蔬菜。不要吃鸡肉，因为这个会导致锌的消除增加。缺锌会引起这种病。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
腺癌的患者在确诊的时候，如果没有明显的远处转移表现，病人的心肺条件允许，肝、肾功能没有手术禁忌，可以选择积极的进行手术治疗，并且在手术以后，应该继续完善相关的病理学、免疫组化、基因测序等检查。
