首先肯定的是巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。如果发生，那么可采用手术治疗。保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
闭经会可能会慢慢消失的，巧克力囊肿的形成主要是子宫内膜异位，来月经时异位的内膜也引起出血，出血多了就形成了囊肿。绝经后不再出血有可能被慢慢吸收，囊肿消失的。巧克力囊肿会引发痛经。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上的一种病变，渐进性痛是此病的主要症状之一。
治疗巧克力囊肿如果采用药物治疗效果不好，如果是有生育要求的病人，一般采取腹腔镜手术治疗，在腹腔镜手术的时候需要保留卵巢的功能，并不能完全切除。对于生育没有要求的女性，采取腹腔镜手术室进行治疗，巧克力囊肿完全的摘除而不是剥离。
子宫内膜异位症的一种病变，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂。治疗方面，还未生育的年轻女性一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
