硫酸软骨素的主要作用是降低血脂，有轻微修复软骨、促进软骨再生的作用，有一定缓解关节疼痛的作用，还能预防冠心病。而氨糖软骨素的作用是减轻关节炎症，缓解关节疼痛，抑制关节软骨破坏酶，促进软骨修复。硫酸软骨素一般都是药品，具有明确的治疗作用。而氨糖软骨素有一部分产品属于保健品，对于其产品成分的监管和控制并没有药品严格。
没有的，氨糖是运用尖端技术从海洋生物体中提取的纯天然物质，因此对人体无毒副作用。氨糖能为人体大量催生和补充关节滑液，从而不断润滑关节软骨面，减少磨损，使关节部位灵活自如。补充足量的关节滑液，也为关节软骨提供了，足够的物质载体。
硫酸软骨素在十到二十元左右一瓶。硫酸软骨素主要是从猪的喉骨、鼻中骨以及气管这些软骨组织中提取制得的，它是一种酸性粘多糖成分。主要用于高脂血症，能够有效的预防冠心病、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化以及心肌缺血性疾病。
最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。
长期吃氨糖软骨素没有副作用，经常性的服用也可以改变椎间盘的营养状态。最主要的成分是氨基单糖，是关节软骨的主要组成成分，因此具有很好的营养软骨的作用，临床当中常用于治疗半月板的退变。
硫酸软骨素用于治疗神经痛、神经性偏头痛、腹腔手术后疼痛等。具有止痛，促进软骨再生的功效，可以从根本改善关节问题，预防和治疗链霉素引起的听觉障碍以及各种噪音引起的听觉困难、耳鸣症等，效果显著。
