治疗肺脓肿的药物主要有青霉素类药物和大环内酯类药物。肺脓肿确诊后要及时进行治疗，首先要用抗生素进行积极的治疗，抗生素要覆盖厌氧菌，比如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等，另外还要加强痰培养的检查，可以根据药敏试验更换抗生素。其次要重视痰液的引流，主要有体位引流和化痰的药物，氨溴索、桉柠檬碱、乙酰半胱氨酸等。如果出现高热症状，可以口服一些解热止痛的药物，比如美林、洛索洛芬钠、阿司匹林等。如果病人有休克症状，应进行静脉输液，并应用血管活性药物。
肺脓肿是否严重，和患病的年龄、病人的身体状况、细菌的毒力、感染的部位都有关系。感染细菌的毒力比较强，老年人咳痰能力比较差，感染的部位位于背部，痰液引流难度比较大，出现了高热、呼吸困难等不适症状，说明病情很严重。病人比较年轻，痰液不是很多，咳痰能力比较强，除了咳嗽没有出现其他不适症状，说明病情不是很严重。
肺结核空洞和肺脓肿有明显的区别，结核性空洞是由于结核杆菌导致肺组织坏死而产生的空洞，肺结核x胸片会表示，空洞壁较厚，没有气液平面，会出现午后潮热和长期咳嗽的症状。肺脓肿是由于肺组织坏死而造成的浓腔，是由细菌感染而造成的，x线胸片显示有气液平面，脓腔周边有炎症渗出，肺脓肿的症状是咳嗽高热，并且会有脓臭痰的咳出，结核性空洞可以使用抗结核药物进行治疗，肺脓肿要使用抗菌素来进行治疗。
肺脓肿与细菌性肺炎的区别主要是，肺脓肿主要是由于肺组织坏死，导致的脓腔，主要表现为痰臭，两者在早期的症状很相似。而细菌性肺炎主要表现为口唇疱疹，并没有痰臭的情况，一般通过拍胸部CT可以辨别出肺脓肿或者肺炎，另外如果通过用抗菌药物进行治疗，高热还是没有退下或者咳嗽咳痰加重，就要怀疑是肺脓肿，在平时一定要禁止吸烟喝酒，不要吃辛辣刺激性的食物。
肺炎与肺囊肿的鉴别诊断大多数是通过胸片或者是胸部CT检查来进行鉴别，但是两者的疗程和治疗方案是不相同的，所以短时间内需要做出肺炎和肺脓肿的鉴别，鉴别诊断的表现分为二点。第一，症状方面，肺炎和肺脓肿都会出现咳嗽以及高热的情况，但是肺脓肿痰液较多同时还伴有臭味。第二，检查胸部影像学，肺炎的表现为斑片状以及片状湿润性的阴影，而肺脓肿大多表现为空洞影，通过胸部影像检查，可以鉴别两种疾病。
