男性人乳头瘤病毒可以进行药物治疗、手术治疗以及物理治疗。
感染人乳头瘤病毒后，可以采用利普刀切除，冷冻治疗，微波治疗。药物治疗一般是在局部涂抹。最普通的有米奎莫特。还可以使用抗hpv生物蛋白的辅料。也可以使用诸如白介素、干扰素等免疫抑制剂。
干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
清除人乳头瘤病毒临床上常用的是免疫调节剂，如干扰素、胸腺五肽、转移因子等。通过细胞免疫调节导致炎症细胞，释放更多细胞因子，清除体内的人乳头瘤病毒。不同的人乳头瘤病毒感染导致的各种病毒疣治疗原则，基本上均为局部治疗。局部可以采用冷冻治疗、激光治疗，或者光动力治疗，也可以外涂药物，如鬼臼毒素、鸦胆子溶液等。
人乳头瘤病毒的感染是可以通过药物来治疗的。
如果病人感染了HPV，可以在医生的指导下应用他克莫司软膏或者咪喹莫特软膏，以减轻病人的痛苦。还可以通过使用转移因子等药物来增强身体的免疫力，从而达到恢复的目的。对于严重的人乳头瘤病毒，可以通过外科手术切除。
人乳头瘤病毒感染，如果没有疣体，可以不用特别治疗，如果有疣体可以用激光治疗。只要杜绝乱性，一般都可以好的，但是有了这个感染，就会有宫颈癌的风险，所以每年做好宫颈癌的筛查。
