CINI的处理原则上不需要治疗，但一定要进行随访，定期复查宫颈液基薄层细胞（TCT）和人乳头瘤病毒（HPV），有症状的CIN1则要治疗。医院可根据TCT、HPV及阴道镜检查结果，综合考虑，采用个体化、规范化、人性化和微创化的方案。
子宫颈上皮内瘤变一级可以进行阴道的上药进行治疗或者手术进行治疗，子宫颈上皮内瘤变一级，提示是良性的病变，具体的治疗方式要根据自身的情况、表现而定。在三月以后复查HPV，只要HPV转阴就可以。
宫颈上皮内瘤变一级提示有低级别上皮内瘤变，要进行宫颈锥切手术，包括利普刀手术。把宫颈切出来的组织送到病理科再次化验，判断病毒侵润的程度有多深，进行局部塞药治疗。
子宫颈上皮内瘤变2级不是癌症，但是是癌前病变。子宫颈上皮内瘤变是介于子宫颈炎症与子宫颈癌之间的一类病变，与HPV的感染密切相关，治疗包括子宫颈环形电切除术和冷刀锥切术。
宫颈上皮内瘤变2级锥切后可以用上消炎药物来预防感染就好，而且术后消炎治疗五天左右的时间就可以，然后还需要多注意休息，有一个合理的生活和饮食习惯，会逐渐好转或痊愈的。
宫颈上皮内瘤变2级要紧，宫颈上皮内瘤变2级系宫颈高级别上皮内瘤变，有发展为宫颈浸润癌的可能，需要治疗。治疗的方式主要以手术治疗为主，对于阴道镜检查充分可行宫颈锥切术或消融治疗，阴道镜检查不理想亦采用宫颈锥切术，包括宫颈环形电切术和冷刀锥切术。