一般存在卵巢囊肿大小，如果大于3.0厘米以上都应该进行手术治疗，目前临床上治疗卵巢肿瘤，以手术治疗为主，如果有生育要求，可保留部分卵巢组织，外用药物效果不大，尽早手术治疗，目前治疗卵巢囊肿的手术有腹腔镜，只要在肚子上打几个孔，就可以将手术完成。
定期做检查。可以3到6个月做一次B超检查，看看暖巢囊肿是否长大，或者有没有其他的变化。只要增长，大小没有变化，可定期检查。无需用药治疗。如增长过快，伴随腹部疼痛不适等症状，可考虑手术治疗。
微创手术一般在1万元左右，而开腹手术，平均在五六千元左右。要多注意保持正常的生活作息饮食也要清淡一些如果会有任何不舒服的情况一定要及时去医院进行治疗。多注意保持局部卫生配合医生的治疗。
在手术以后，囊肿都是可能会再次复发的，由于炎性囊肿通常可以考虑进行输液来消炎止痛治疗，消炎以后囊肿会消失，如果再次复发感染炎症，囊肿就会再次复发生长，而卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位导致，所以即便切除以后也有可能会导致内膜的再次异位而复发。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，通常为良性囊肿，几乎没有恶性病变。如果生理性囊肿在黄体囊肿中很常见，通常随着月经而变化，也就是说，可以发现在下次月经干净后逐渐减少甚至消失。病理囊肿不能消失。如果没有症状，不太直接的症状暂时不需要手术。定期的症状检查可以结合药物进行。如果囊肿逐渐增大，如果直径大于5厘米，月经和腹痛症状都会受到影响。有手术特征的，可以选择腹腔镜或开腹手术进行切除。
早孕有卵巢囊肿，应该首先考虑囊肿是黄体囊肿，是怀孕引起的。一般在妊娠3个月后会消失，如果持续存在可以在妊娠4个月后手术切除或分娩后再做手术。现在的病情可以密切观察，孕检的时候顺便看看这个囊肿的变化情况。
