乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
国疫苗类的制剂都是生物制剂，所以注射后是会出现发烧、过敏等副作用的，宝宝的体温超过三十八度五口服药物控制体温，但如果持续时间长或口服退烧药物无法控制体温，再去检查。
在打了疫苗后，容易出现感冒的症状出现鼻塞，流鼻涕，发烧，如果是症状轻的，不用担心要及时治疗，如果症状严重，需要到医院做检查，看看是不是细菌感染，如果有炎症，需要服用消炎药物的。
宝宝注射乙脑疫苗以后，大部分会出现低烧，如果体温在38度左右，可以用温水擦浴的办法进行降温。如果体温较高超过38.5度以上，就需要考虑服药退烧，发烧期间还需要观察孩子是否有咽喉红肿，口干舌燥等。
