长期服用可能会抑制患者的免疫功能，会对身体有一定的影响，出现骨髓抑制的情况。会导致白细胞和血小板减少，对胃肠道功能也有一定的刺激作用，会导致脱发等等症状的发生。
该药物是一款调理月经不调的药品，服药时间严格，每天同一时间段进行。服用完第一个周期后要停药7天后才可以继续服用第二个周期。停药后两三天就会来月经，通常都是在月经还没有结束就要开始服用第二个周期。
这种药物服用过量的副作用可发生哮喘、眩晕、耳鸣、出汗、皮肤粘膜红斑、水疱、烧灼感、疼痛，还有的表现为溶血性贫血、血小板减少、点状出血、紫斑、血红蛋白尿等。如果出现腹痛，反复的腹泻应立即停止给药，并采取适当的处置措施。
服用该药时不能马上停药，因为类似西药的依赖性较大，所以在没有有效药物取代之前是不能停药的，长期服用的后果会直接影响肝、肾、脑等功能。服用该药对生育有一定的影响，精神科药物都或多或少存在性功能影响。
糖尿病服用黄连素十年没有副作用，黄连素具有恢复正常心律和增强心肌收缩力的双重作用，对多种原因引起的老年人心动过速、顽固性窦性心律失常等，皆有良好治疗效果，尤其是强心作用，使得大多数具有削弱心肌收缩力缺点的抗心律失常药中独树一帜。
对于吃中药禁忌的饮食需要根据病情、中药方剂来定的，在吃中药前医生会给交代清楚的。同时也要根据药物的18反19畏为准则，来决定药物的禁忌的。对于药物的禁忌不能一概而论。如有的方剂是不能饮酒，但有的方剂以酒为引，有的方剂不能吃绿豆，但有的方剂要多喝绿豆汤降火。总之，药物禁忌要听医嘱，不能自作主张的。
