肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石的花费还需要根据结石的位置、大小、是否引起胆管炎和肝脏萎缩来决定。对于临近第一肝门的肝内胆管结石，可以通过胆总管切开、胆道镜取石的方式进行处理，花费大概需要2万元左右。而对于反复发作胆管炎，引起肝脏萎缩或者癌变的肝内胆管结石，需要进行肝段或肝叶切除术，总体的花费有可能需要3-5万，甚至更高。
肝内胆管结石不及时治疗可能会导致肝叶萎缩、肝硬化等，具体如下：
肝内胆管结石主要与胆道感染、胆道寄生虫（蛔虫华支睾吸虫）、胆汁淤滞、胆管解剖变异、营养不良等有关。如果不及时治疗，结石可能会造成局部胆汁排泌不畅，导致肝叶萎缩、胆管炎、肝硬化等。建议患者及时治疗，以免造成严重影响。
在日常生活中，患者应注意休息，保证良好的睡眠，饮食以清淡、易消化为主，多吃新鲜蔬菜、水果，避免辛辣刺激、生冷的食物。
可以采用无创保肝取石，在ERCP内镜的基础上研制出的一种高新胆管内镜系统，在ERCP内镜基础上，采用十二指肠大乳头球囊扩张胆管出口，将ERCP纤维内镜送入胆总管内，通过胆总管直达肝内胆管，通过肝内胆管球囊扩张肝内胆管，扩开肝内胆管内径，通畅取石通道，可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术全程在视频可视下内镜操作，无痛、无创伤、无出血，一次彻底治愈肝内胆管结石，保住正常的肝脏组织。
肝内胆管结石伴有胆管炎症的，饮食上需要更加注意。对于辛辣刺激食物也不能吃太多，如辣椒，大蒜，生姜，韭菜，芥末，尖椒等。这些食物可导致刺激胃粘膜，引起消化不良以及十二指肠乳头水肿，导致胆汁反流以及引流不畅，最终会引起胆管结石炎症反复发作。
如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
