巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
卵巢囊肿如果只吃药一般不能好。临床上卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿。生理性囊肿一般发生在月经后半期，囊肿一般不超过5cm，临床上一般不会引起任何症状。通常月经干净后囊肿会自行消失。病理性卵巢囊肿可发生于月经的任何时期，并且直径大于5cm，临床上可出现月经改变或下腹部疼痛等症状。卵巢囊肿一般吃药无法根治，需要手术治疗，一般在月经干净后3-7天内去医院切除卵巢囊肿。
卵巢囊肿生理性的是可能好的，生理性的卵巢囊肿是由于激素水平的问题引起的卵泡黄素化不破裂形成的，生理性的卵巢囊肿无需处理随着月经来潮激素水平的变化，月经干净后复查会自行消失。
卵巢囊肿出现以下情况时是肯定不能怀孕的，卵巢肿瘤生长过快过大时，导致到影响卵巢的血运和排卵，某些卵巢肿瘤出现急慢性扭转、破裂时，影响卵巢血运和引起坏死，继而出现卵巢功能障碍和不排卵，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不孕等症状。
卵巢切除手术，这应该是可以治疗好的，手术是彻底治疗卵巢囊肿的方法，药物治疗一般只有控制才能彻底治疗。大多数人不会复发，当然也有少数人会复发，所以术后定期检查，注意休息，保持好心情。
