用碘131治疗甲亢的副作用一般可分为早期毒性反应和晚期并发症两种。早期毒性反应是指在两周内出现的反应，晚期并发症是指在两周后出现的并发症，常见的是消化系统的反应，如厌食、恶心、呕吐等，此外，尚有乏力、头晕，少数病人有皮肤搔痒及皮疹等，经对症处理和休息后可以消失。
通常来说，所谓的核医学就是采用放射性碘-131治疗甲亢，效果好不好需要根据具体的情况来分析。
如果患者的甲亢病情，只适合放射碘治疗。核医学治疗甲亢的治疗效果还是比较好的，能使绝大部分患者的甲亢得到治愈，
除了核医学治疗甲亢以外，患者还可以口服抗甲状腺药物治疗，以及手术治疗。同时要注意饮食，加强锻炼。
治疗之后可能出现放射性甲状腺炎，患者通常表现为甲状腺部位疼痛，也有可能会有体温升高，进一步疼痛加重等。永久性甲状腺功能减退，射线进入体内以后，随着时间延长会有效果递增作用，也就是时间越长，发生甲状腺功能减退症的概率就会越大。
优势是治疗过程简便，不用开刀，不影响病人的外观，费用低，症状缓解率快。它的弊端可能导致生育功能改变，甲亢易变成甲减，会引起多种并发症，头晕，恶心呕吐，甲状腺局部肿痛。
不能恢复的，因为碘131的本质是破坏甲状腺正常的滤泡，虽然目的是消除甲状腺的毒细胞，但是对正常的甲状腺组织也会破坏，这种破坏往往是不可逆的，包括病变组织和正常组织。
治疗甲亢首先可以服用抗甲状腺药物治疗，据甲功结果调整药物剂量。也可以做放射性碘131治疗，术后需要甲状腺激素补充治疗。对于甲状腺明显肿大，出现压迫症状，中重度甲亢长期服药无效，停药复发或不能坚持服药者，手术治疗是首选。
