肛周脓肿的治疗首选手术，只有通过手术才能将肛周脓肿的感染源头即肛门腺破坏掉，从根源上得到控制；其次，如果条件暂时不允许，可以临时口服或者静脉输注，控制感染扩大，待条件允许时，及时去医院行根治手术治疗。肛周脓肿的发病与个人体质和生活习惯密切相关，比如腹泻、大量饮酒吃辣以及抵抗力下降等，所以，日常生活中应当纠正以上不良习惯，同时加强体育锻炼，增强抵抗力。
肛管周围血液循环较好，但存在一个薄弱点，解剖学中称为肛窦。人体肛管内存在多个点，在接近肛管齿线的位置，有类似于小袋子的结构，能够留存大便，若留存的大便带菌或有炎症，导致该处逐步产生炎症，细菌侵蚀正常组织。
目前是不需要进行手术治疗的，平时也可以经常进行局部的按摩，逐渐就会有所恢复和好转。也不需要特殊的用药进行治疗。出现有皮下硬块的情况，目前主要就是选择经常进行局部的热敷，来促进硬块的逐渐消失。
主要的区别就是肛周脓肿，需要进行治疗好的手术，也就是需要处理原发感染灶。肛周脓肿和皮下脓肿都是有感染形成，并且创面下面都有脓液的情况，但是肛周脓肿主要还是由于肛窦感染引起来的，也就是说肛周脓肿的原发感染灶在肛门里面。
肛门脓肿是指直肠肛管周围软组织内或其周围间隙发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。脓肿切开破漏后常会形成肛瘘，脓肿是肛管直肠疾病的急性期表现，而肛瘘为其慢性变现。绝大多数的肛门脓肿是由肛腺感染引起的，主要的症状为病变处有红肿压痛。
败血症扩散性浓肿，及时脓液细菌培养，药敏试验，也可以抽血进行血培养，选择敏感性抗生素，有助于病情恢复，平时注意多喝水，多吃蔬菜水果，不要吃辛辣刺激的食物，脓肿局部合理消毒。有助于改善。及时到正规专业医院治疗咨询，以免耽误病情而造成什么无法挽回的局面。
