主要的区别就是肛周脓肿，需要进行治疗好的手术，也就是需要处理原发感染灶。肛周脓肿和皮下脓肿都是有感染形成，并且创面下面都有脓液的情况，但是肛周脓肿主要还是由于肛窦感染引起来的，也就是说肛周脓肿的原发感染灶在肛门里面。
肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，称为肛管、直肠周围脓肿。肛瘘：肛瘘是以肛门为中心形成的窦道，在肛门周围皮肤的小孔反复流脓，一般不痛。肛瘘大多是肛周脓肿的后遗症。
肛周脓肿和肛周囊肿都属于肛门周围的一种占位性的表现，而肛周囊肿多继发于皮脂腺囊肿，属于囊性占位性病变，病人会表现为局部的包块，伴有触痛，治疗办法是选择手术切除，因为有一部分囊肿的病人也容易继发感染而导致肛周脓肿的形成，而肛周脓肿这些疾病主要是继发于肠道的炎症反复迁延不愈所导致的，病人会有局部的疼痛，伴有发热，可以切开引流。
肛周脓肿是肛门周围软组织间隙的化脓性感染，早期主要表现为肛门周围肿块或疼痛。痔疮是直肠下端和肛管上段的静脉丛扩张形成的，主要表现为肛门肿物和出血。要生活规律，清淡饮食，多吃蔬菜和水果，保持大便的松软通畅。
肛周脓肿和肛周囊肿都属于肛门周围的一种占位性的表现，而肛周囊肿多继发于皮脂腺囊肿，属于囊性占位性病变，病人会表现为局部的包块，伴有触痛，治疗办法是选择手术切除，因为有一部分囊肿的病人也容易继发感染而导致肛周脓肿的形成，而肛周脓肿这些疾病主要是继发于肠道的炎症反复迁延不愈所导致的，病人会有局部的疼痛，伴有发热，可以切开引流。
肛周脓肿引流术，意思就将脓开最薄弱处切开引流，而并不处理内口。而肛周脓肿的根治术，手术时需要明确内口的位置，然后切开引流时，放射状连同内口一并切开处理，这样就可以防止术后形成肛瘘，避免二期肛瘘手术。目前在临床上大多以肛周脓肿根治术为主。