通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
先天性囊肿的治疗，要看囊肿的具体位置和，如果位置不重要，对人没有影响是不用治疗的。而如果位置比较重要，对人的健康产生影响，可以通过手术切除，所以具体要看囊肿的位置。
癫痫的治疗应注意合理膳食，补充足够营养，某些西药会对消化系统带来影响，导致营养物质的缺乏或代谢障碍。癫痫发作时，应立即平卧、头偏向一侧，迅速松开衣领和裤带，将毛巾塞于上下牙齿之间，以免咬伤舌头。
先天性成骨不全症可以通过非手术治疗和手术治疗方法。
患者可以口服氟化物、维生素D、降钙素、性激素等药物进行治疗，同时还应注意对合并有骨折的病人进行固定。全膝关节置换术、髓内针固定术、截骨术等均可采用外科技术，并在术中采用石膏固定，直到完全恢复。目前，使用交锁式髓内针固定装置能较好地矫正骨折，且术后较难出现骨折不愈合。
先天性多指畸形需要采取物理治疗和手术治疗。
对于先天多指畸形的儿童，在六个月之前，要注意对主指和多指相邻的手指进行适当的牵引和按摩，以确保主指的正常发育，如果超过了六个月，可以做多指切除手术，也可以做主指的整形手术。儿童在六个月后，手指的神经、血管、肌腱、结构比较清楚，可以采用多指切除，多指与主指各切除一部分，将两根手指合为一根手指。
通常来说，先天性骶椎裂可以通过手术进行治疗。
先天性骶椎裂是一种发育性疾病引起的畸形，大部分先天性的骶椎裂都是没有必要的，一般都是没有什么不适和不适的，应该进行定期的检查。先天性脊髓裂导致的神经症状很少见，导致神经系统疾病的先天性脊柱裂，导致了下肢神经畸形和排尿功能障碍，必须进行外科检查，同时还可以进行马尾神经的松解术。
