肛瘘不治疗会导致肛瘘经久不能恢复，也就是外口会假性愈合等身体抵抗力下降、过度劳累或者进食辛辣、刺激的食物以后，外口可以自行破溃、流脓、渗液，并且伴有臭味等。如果肛瘘不治疗是很难自行恢复的。
由于反复发作，脓液可穿透管壁，沿括约肌间隙扩散，形成多发复杂的肛瘘，不仅给治疗带来困难，而且影响肛门的正常生理功能。任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。
瘘口、瘘管增加：肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
部分肛瘘是可以不用手术的，忌食有刺激性的食物，辛热之品易使肠胃发作湿热，多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等；加强肠蠕动而通利大便，调整胃肠气机。宜食蜂蜜，有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。宜食粗纤维食物，如芹菜、韭菜等。
