如果是肾脏内比较小的结石，也可以出现轻微的腰困，腰酸等。如果肾结石比较大，就会出现腰部明显的憋胀不适，尿血等。如果肾结石掉入输尿管狭窄处，还可以出现腹部剧烈的绞痛，恶心，尿频等症状。
结石疼的时候可以肛门内给药，最常见的就是双氯灭痛栓50mg纳肛，一般3-5分钟就可以缓解疼痛。也可以肌肉注射止疼药物，比如强痛定、杜冷丁、654-2、黄体酮等，也可以静脉滴注间苯三酚、654-2。
结石疼痛大部分见于输尿管结石。输尿管结石引起疼痛主要是因为结石堵塞输尿管后引起输尿管痉挛，输尿管痉挛可引起急性剧烈疼痛，一般为绞痛，多合并有恶心，呕吐等症状。肾结石及膀胱结石，一般不会引起痉挛，所以疼痛较少见，如果有疼痛一般是隐痛，不会剧烈疼痛。
碎结石痛，患者有轻微的疼痛感，可以忍受的。对泌尿系结石的治疗分为体内碎石和体外碎石。体外碎石是最常用的非手术治疗方式，是利用设备将能量聚集在结石的部位，击碎结石以后随尿液排出体外。
结石的疼痛没有明确分级，不同部位的结石疼痛程度不一样，如果结石在肾脏，很多是钝痛、隐痛为主，如果小的结石由肾盂排到输尿管，疼痛会非常剧烈，呈绞窄样的疼痛，疼痛时会伴有恶心、呕吐。